本发明公开了一种检测含有正电荷聚合物细菌内毒素的方法，包括如下步骤：步骤一，器皿前处理；步骤二，树脂前处理；步骤三，制备细菌内毒素阳性对照液；步骤四，制备供试品阳性液；步骤五，准备鲎试剂；步骤六，取供试品溶液、检查用水、供试品阳性液、阳性对照液，分别加入已复溶好的鲎试剂中，观察结果；采用本发明的检测方法能够排除正电荷聚合物对细菌内毒素检测过程的干扰，同时不引入外源性内毒素。