本发明涉及一种乙酰甲胺磷生产中有机磷废水的处理系统及方法，属于精细化工技术领域。该处理系统包括对有机磷废水进行流量调节及COD调节的调节池，调解池的出液口连接强代谢好氧池的进液口，强代谢好氧池的出液口连接陶瓷膜组件一端，陶瓷膜组件另一端连接磷酸铵镁制备单元，磷酸铵镁制备单元的出液口连接氨氮去除池，氨氮去除池内设有内部保持相互流通的MBR池和兼氧池；氨氮去除池的出液口连接除磷池，除磷池连接磷泥沉淀池；陶瓷膜组件上设置的排泥口及氨氮去除池的排泥口同时既连接强代谢好氧池，又连接污泥浓缩池，磷泥沉淀池的排泥口也连接污泥浓缩池。本发明设计的系统可实现对乙酰甲胺磷生产中有机磷废水中有机磷的有效去除。