本发明提出了一种乙酰甲胺磷萃余废水的处理方法，包括以下步骤：使用烷类萃取剂对乙酰甲胺磷萃余废水进行一次萃取处理后得到有机相和水相，对该有机相进行蒸馏处理回收烷类萃取剂，产生的有机残液进行焚烧处理，对该水相进行酸化处理得到酸化废水；使用酯类萃取剂对酸化废水进行二次萃取处理后得到有机相和水相，将该有机相进行双塔精馏处理，回收酯类萃取剂并得到副产品醋酸，塔釜残余物进行焚烧处理，对该水相进行蒸发析盐处理，固体干燥处理后得到副产品硫酸铵盐。本发明在解决了乙酰甲胺磷萃余废水处置问题的过程中，不仅所用的萃取剂回收利用，还产生了副产品收益，实用性高，经济性强，可实现综合正向收益。