本发明公开了一种乙酰甲胺磷生产中三价砷废水处理系统及方法，属于精细化工技术领域。该系统包括第一酸碱调节罐，第一酸碱调节罐的进液口连接两条支路，一条支路连接储酸罐，另一条支路通向三价砷废水，第一酸碱调节罐的出液口连接搅拌罐的进液口，搅拌罐的进液口还连接硫化物储存罐，搅拌罐的出液口连接沉淀池，沉淀池的出液口连接第二酸碱调节罐，第二酸碱调节罐的进液口还连接储碱罐；沉淀池底部设置的污泥出口通过离心干燥装置连接硫化砷副产储存罐；搅拌罐的排气口连接相互串联的若干个硫化氢气体吸收塔，各硫化氢气体吸收塔还分别连接储碱罐和硫化物储存罐。该系统可以实现乙酰甲胺磷生产中三价砷废水的有效处理。