本发明公开一种藿香正气胶囊的制备方法，由各药处理工艺，合药混合处理、浓缩成稠膏、干燥粉碎成粉药工艺，及混合补药加辅料填装胶囊工艺组成；各药处理工艺包括对厚朴、白芷、白术、茯苓提取药液；对广藿香、紫苏叶、陈皮、生姜提取挥发油；对甘草、大腹皮、桔梗、大枣与广藿香、紫苏叶、陈皮、生姜的药渣一起煎煮提取药液；法半夏粉碎成粉或煎煮；合药混合处理工艺，是将厚朴、白芷、白术三药液合并加水稀释，再合并甘草、大腹皮、桔梗、大枣与广藿香、紫苏叶、陈皮、生姜去油的药渣的共同煎煮液，经大孔树脂吸附分离纯化，将洗脱液与茯苓煎煮液合并浓缩成稠膏，干燥粉碎成药粉；优点是本工艺可以消除残留农药和重金属杂质，提高药物纯度。