本发明公开了一种电动车控制器系统及其控制方法。电动车控制器系统包括：中央处理器、电压转换模块、主回路开关模块和电动车主回路；电压转换模块的第一输入端通过电动车的电门锁连接电池正极连接端，电压转换模块的第二输入端与电池负极连接端电连接，电压转换模块的输出端与中央处理器电连接，电门锁用于通过电压转换模块控制中央处理器是否得电；主回路开关模块的第一端与电池正极连接端电连接，主回路开关模块的第二端与电动车主回路的输入端电连接，主回路开关模块的控制端与中央处理器电连接，主回路开关模块用于根据中央处理器的控制信号控制电动车主回路是否得电。本发明达到了提高电动车的安全性能的效果。