本发明公开了一种自动化药品入库检测方法、装置及设备，包括：基于跨系统获取监管码数据库、码垛数据库和仓库管理数据库之间的交互数据；响应于码垛请求，基于交互数据对当前码垛状态进行实时检测，得到码垛完成后的码垛状态数据；将码垛状态数据从码垛系统发送至仓库管理系统，更新仓库管理系统生成对应的目标订单状态，并对目标订单状态进行实时检测，得到更新后的目标订单数据；启动检测模式时，对当前码垛状态、目标订单状态及交互数据之间的平衡进行实时检测并判断任务运行过程中是否存在异常，输出异常提示。基于跨系统对各数据库建立连接，保证各数据库间的数据平衡，可以替代人工检测，及时定位并警示异常，实现药品入库检测的自动化。