本实用新型公开了一种在线灭菌离心系统。所述在线灭菌离心系统包括样品储罐、离心机、蒸汽发生器和气体储罐；所述样品储罐的出样口通过样品输送管路与所述离心机相连，形成样品离心主路；所述蒸汽发生器通过蒸汽输送管路与所述样品储罐的出样口相连，形成蒸汽输送支路；所述蒸汽发生器用于产生蒸汽对所述样品输送管路和所述离心机进行灭菌；所述气体储罐通过气体输送管路与所述样品储罐的出样口相连，形成气体输送支路；所述气体储罐用于在灭菌后向所述样品输送管路和所述离心机通气。该系统能实现在线灭菌，操作简单，有效降低了待离心样品的染菌风险。