本发明公开了一种发动机节气门自标定系统及控制方法包括节气门座、节气门轴、带动节气门轴旋转的电机、与节气门轴相连的节气门开度感应指针、位于节气门座内腔的节气门门板、与节气门开度感应指针同圆心设置的节气门开度分度盘、节气门位置传感器以及标定控制单元，其中节气门开度分度盘上将节气门开度从节气门全闭到节气门全开等分为n个区，并在每一区对应刻度点上分别设置位于同一圆周上的静触点，节气门开度感应指针上设置与静触点相对应的动触点,标定控制单元控制节气门电机PWM控制信号占空比步进变化，并自动采集每个静触点与动触点接触时的PWM控制信号占空比值和节气门位置电压值。本发明标定效率高且适用于多种应用场景。