本发明涉及呼吸机技术领域，具体涉及一种自主呼吸监测方法及系统，该方法包括：根据采集的被测试者气道压力计算得到呼气末正压；根据采集的被测试者的气体流量和气道压力，并结合呼气末正压进行判断，如果是自主呼吸，则进行标记；统计N秒时间窗内的标记次数，进而得到N秒内的自主呼吸次数k；由自主呼吸次数k计算得到自主呼吸频率f。本发明能够更准确的监测出病人的自主呼吸，能够精确的监测出病人的自主呼吸频率，并能够反映病人自主呼吸频率的变化趋势；本发明的方法可以扩展到自主触发通气开始的判断，呼气末正压及平台压力的监测，还可以扩展到机控频率的监测，可同时监测病人总的呼吸频率，包括自主触发的呼吸频率和机控通气的频率。