本发明公开了一种便携式体外循环系统，包括：血泵头；驱动装置，其与所述血泵头连接，以使所述血泵头内的血液输出；其中，所述驱动装置包括依次连接的电动驱动机构、单向传动器和手摇驱动机构，所述电动驱动机构与所述血泵头连接；当所述电动驱动机构转动时，所述单向传动器处于断开状态；当所述手摇驱动机构转动时，所述单向传动器处于闭合状态，驱动所述血泵头内的血液往设定的方向输出。本发明提供的便携式体外循环系统可实现手动和电动的一体化，无需拆换电机驱动头和备用手动驱动头，避免了拆换的过程带来血泵的停运，对患者血液循环带来不利的冲击，医护人员在紧急情况下的操作变得简单易行，并可避免医护人员操作错误的风险。