本发明涉及一种基于单片机的芯片系统的加密方法及加密芯片系统，芯片系统包含处理器，单片机包含标识ID，加密方法包括：根据标识ID按照设定算法生成秘钥的第一数据，将第一数据写入单片机；处理器初始化时内部按照标识ID和设定算法生成秘钥的第二数据；第一数据和第二数据匹配时判定芯片系统验证通过，否则退出运行程序。利用包含出厂唯一且不可修改的标识ID的单片机，根据该单片机的标识ID生成秘钥，在芯片系统初始化时先进行秘钥匹配性判断，匹配时判定芯片系统验证通过，则程序向下执行，否则程序直接退出，如果复制芯片系统内的程序，芯片系统验证不通过则程序不能继续运行，可以防止芯片系统被复制仿造，并且不需要在外围电路加上加密芯片。