本申请公开了一种基于FAT16技术实现文件动态管理的方法和系统，该方法包括：对无操作系统的嵌入式设备中的flash，进行FAT16文件系统的初始化以及FAT16文件系统结构体的初始化；对所获取的shell命令进行解析，并将解析后的参数传送至FAT16文件系统；根据解析后的参数，FAT16文件系统的功能函数将flash公共区的FAT表、根目录以及flash数据区的文件读取到指定的缓冲区中；对缓冲区进行读写操作。本申请中的系统包括初始化模块、命令解析模块、缓冲区指定模块和读写模块。通过本申请能够实现无操作系统的嵌入式设备中文件动态管理的灵活性，并大大提高磁盘空间的利用率。