本发明涉及一种综合控制系统，包括初始化模块、上电模块、自检模块、通信模块、主控调度模块、控制模块、电源管理模块和数据存储模块，初始化模块用于对工作任务、存储空间及定时器进行初始化，并启动通信模块、控制模块及数据存储模块；上电模块：综合控制系统读取载机挂架地址信息，并通过1553B总线回传地址信息给载机，载机与机载光电系统确认连接正常后，综合控制系统通过RS485通信与3块一次电源进行通信，依次打开3块一次电源的输出，通过上电模块为机载光电系统供电。本发明一种综合控制系统，实现板卡功能调度、在线监测、伺服控制、光机控制、传感器控制、定位解算、已规划任务的实施。