本申请提供电力电子变压器的控制架构及其控制方法。所述控制架构包括上层控制器、M个子模块单元和通信线路，M为大于等于1的自然数，所述上层控制器包括至少一个控制器通信端口；每个所述子模块单元包括至少两个子模块功率电路和至少一个隔离元件，所述子模块功率电路包括子模块控制器和交直变换器，所述子模块控制器包括至少一个子模块通信端口；所述交直变换器包括至少一个交流端口和至少一个直流端口；所述隔离元件包括至少两个隔离端口，所述隔离端口连接所述交直变换器的交流端口；所述通信线路连接所述上层控制器与所述子模块控制器，或连接不同子模块单元的所述子模块控制器，或连接同一子模块单元的不同的所述子模块控制器。