本发明公开了一种电力电子变换器协调控制系统及其控制方法，协调控制系统包含Y个电力电子变换器，M个电力电子变换器控制器，以及1个上层控制器，1个上层控制器可以与M个电力电子变换器控制器通讯；若Y＝M，则一个电力电子变换器控制器连接一个电力电子变换器；若Y＞M，则电力电子变换器控制器与电力电子变换器之间一对多连接，且该多个电力电子变换器的运行功率之和不超过所连接的电力电子变换器控制器能控制的最大运行功率；本发明通过协调控制系统对所有并联的电力电子变换器进行稳态运行控制和效率优化控制，大大提升了整个系统的综合效率和单个设备利用率。