本发明公开一种配电终端双后备电源管理系统及其管理方法，该方法对现有的单一后备电源进行改进，实现供储一体化电源精细分配与管理。改进的配电终端采用了双后备电源，实现在配电终端的外部电源和主后备电源同时失效时，辅助后备电源还能保证开关分合闸。本方法在双后备电源和充放电回路间增加后备电源切换模块，灵活实现了一个充电回路下双后备电源的充放电管理，通过定期和排异性充放电管理方法，在保证系统可靠性前提下，实现了防浮充、防过放、双后备电源灵活切换等功能，一方面延长了电池的寿命，另一方面还可筛选出异常电源，同时还提高了整个系统的可靠性。