本发明涉及医疗器械技术领域，具体涉及一种泵头捕捉器、血栓吸除系统及其使用方法。所述泵头捕捉器包括：连接主体，具有位于轴心的平面空腔；固定座，沿轴向开设有捕捉口；固定座包括若干沿径向设置且与捕捉口连通的滑轨，滑轨内设置有机械爪，机械爪的尾端与驱动弹簧相连，机械爪的首端适于与泵活塞头的弧形肋相卡接；若干机械爪在驱动弹簧的弹力作用下朝轴心运动和/或保持朝轴心运动的趋势以共同捕捉泵活塞头。本发明提供的泵头捕捉器，抗压能力和抗疲劳能力更可靠，同时在X，Y向可以补偿泵活塞头对位不良，且可以补偿泵活塞头相对Z向的小角度倾斜不良，不仅降低了对主机的对位精度要求，而且降低了对导管泵的寿命折损。