本发明提供了一种含有佐剂的活疫苗组合物，该疫苗组合物含有免疫量的抗原和佐剂，其中佐剂为包含卡波姆、壳聚糖和普罗尼克L121的溶液，分散质粒径大小为0.01μm～5μm。本发明还提供了该疫苗组合物的制备方法和应用。本发明的含有佐剂的活疫苗组合物通过滴鼻途径进行免疫时，免疫效果大大提高。