一种高温灭菌系统包括进料管、离心泵、灭菌机、换热器、出料管；所述离心泵前端连接进料管，后端连接换热器；所述灭菌机包括高温桶、清洗装置和控制器，所述高温桶内设置有微波发生器和微波加热腔，所述的微波发生器与微波加热腔连接。解决了现有高温灭菌系统存在的不能实现自动清洗，需要购买另外的清洗设备，成本高，操作复杂等问题。