本发明涉及电子测试的技术领域，具体涉及一种CAN总线控制器的硬件在环自动测试方法、系统及存储介质。自动测试模块按故障码数据库文件的内容模拟触发测试环境仿真模块中分控制器的故障，分控制器模拟发送自定义协议的故障码报文给HCM，HCM将该报文转换为J1939‑73协议的故障码报文并发送到CAN总线，故障码解析模块将HCM发送的故障码报文解析成{SPN,FMI,FC}的信息组合，自动测试模块将故障码解析模块的解析结果与故障码数据库比较，判断HCM故障码报文是否正确，并生成测试报告。本发明可大大提高测试效率，降低测试成本，减小对测试资源的依赖，具有通用性。