本发明公开了热水消毒饮水系统，包括热罐、换热器、第一管路切换阀、第二管路切换阀、出水阀、旁通管和电控器；换热器的高温水进口连通热罐出水口，降温水出口连通出水阀的进口，常温水进口接水源，升温水出口连通热罐进水口；第一管路切换阀设置在连通热罐出水口和换热器的高温水进口的管路上，或者设置在连通换热器的降温水出口和出水阀进口的管路上；旁通管的一端连通出水阀的进口，旁通管的另一端连通热罐出水口；第二管路切换阀设置在旁通管上。本发明的管路设置使得系统可以通过高温热水对饮水系统的出水管路和出水阀门定期消毒，能够保证饮水系统出水的细菌总数卫生指标合格，提高了饮水卫生安全性。