本发明公开了一种基于甜菜碱类超分子溶剂制备乳糖酸发酵组合物的方法及其护肤应用，包括：（1）扁桃酸甜菜碱超分子NaDES溶剂的制备；（2）培养猴头菇菌丝种子液，并添加到扁桃酸甜菜碱超分子NaDES溶剂发酵培养体系，发酵至终点，随后进行除蛋白和脱色操作，得到含麦角硫因与β‑葡聚糖的超分子发酵液；（3）向含麦角硫因与β‑葡聚糖的超分子发酵液中加入乳糖底物和糖类氧化酶与过氧化氢酶，于25℃～30℃发酵培养6小时～24小时得到转化后的发酵液；（4）转化后的发酵液经过离心纯化浓缩后，得到超分子乳糖酸发酵组合物。该方法与传统乳糖酸生产方法相比，缩短乳糖酸发酵转化时间，提高反应速率与效率，同时赋予了产品更加全面的性质。超分子NaDES溶剂不易挥发，生物相容性好，可重复利用连续发酵，工艺过程绿色无污染；超分子NaDES溶剂本身就是具备前驱体功效的溶剂，无需分离，后续纯化操作简单，发酵组合物可用作新型化妆品原料，具有剥脱角质、抗氧化及保湿补水等功效。