本申请涉及一种数字证书签名方法、装置、系统及存储介质，包括：通过智能移动终端安装的数字证书APP扫描客户端展示的二维码，获取所述二维码包含的签名标识信息，所述签名标识信息指示用户的身份信息以及用户当前所处的交易中心；获取并显示签名请求数据，以指示用户触发确认签名；接收用户根据所述签名请求数据触发确认签名的信息，并发送至证书服务端，以使证书服务端进行签名，并将签名结果返回至客户端。可以解决现有的电子交易系统由于各地交易中心使用不同的USBKey、CA证书供应商，导致各地USBKey证书不兼容、使用环境苛刻的问题。