本发明公开了一种柔性薄膜太阳能电池的制备方法，该制备方法包括步骤：在固定于玻璃载体上的柔性玻璃上形成第一透明导电层，并在第一透明导电层上形成第一开口；在第一透明导电层上形成覆盖第一开口的发射极薄膜，并形成第二开口；在发射极薄膜上形成覆盖第二开口的第二透明导电层，并在第二透明导电层以及发射极薄膜上形成第三开口；在第二透明导电层上形成第一柔性粘结层；在第一柔性粘结层上形成第一柔性薄板；对上述结构进行封装，在封装后移除玻璃载体。相应的，本发明还提供采用本方法制备的柔性薄膜太阳能电池。采用本发明的技术方案，能够有效降低柔性薄膜太阳能电池制备的碎片率，提高生产效率，增加电池强度。