本发明提供了一种基于NFC的兼容性天线的控制方法、系统和存储介质，首先设置为第一天线模式，通过预设的通信指令检测通信对象是否为第一天线设备；若是，则使用第一天线模式进行无线通信；若否，则设置为第二天线模式；当设置为第二天线模式时，通过预设的通信指令检测通信对象是否为第二天线设备；若是，则使用第二天线模式进行无线通信；若否，则向终端设备发送识别异常通知。本发明使NFC设备可自动识别读取对象，并根据不同对象选择对应的天线模式，实现NFC设备使用一根天线兼容识别一般对象和加密对象，从而降低天线成本和提高设备设计的灵活性。