本实用新型属于除菌技术领域，尤其涉及一种马桶水路的除菌机构，包括马桶水箱和螺纹筒，所述马桶水箱的内部固定连接有电动推杆，还包括：顶盖，所述顶盖位于所述马桶水箱的顶部，所述顶盖密封所述马桶水箱的内部；电机盒，所述电机盒位于所述顶盖的顶部；电机，所述电机固定于所述电机盒的内部；螺纹杆，所述螺纹杆固定与所述电机的输出端固定连接；其中，所述电动推杆的延伸端固定连接有顶盖，所述电动推杆的数量设置有四个，在本技术方案中，启动电机即可实现螺纹杆的旋转，从而能够实现对底部过滤机构的升降传送，电动推杆能够实现对顶盖的抬升，从而能够方便对马桶水箱的内部进行清洁。