本发明提供一种阻燃母粒、含有该阻燃母粒的聚酯复合薄膜及其制备方法，该阻燃母粒包括双层膨胀型微胶囊、改性玻璃纤维和PET；所述双层膨胀型微胶囊包括次磷酸铝和微晶纤维素复合芯材，氰尿酸三聚氰胺盐内层和硅凝胶外层；改性玻璃纤维为经过硅烷偶联剂改性的超细玻璃纤维。该聚酯复合薄膜，包括A层和B层，A层包括阻燃母粒、PET、分散剂；B层包括二氧化硅、氰尿酸三聚氰胺盐、勃姆石、分散剂和PET。本发明通过改性玻璃纤维增强PET基材，以及含硅凝胶的双层膨胀型微胶囊和所述改性玻璃纤维的相互促进协同作用，结合另一层中利用勃姆石包覆二氧化硅的特殊制备方法，共同提高了材料的阻燃性能和力学性能，延长了材料的使用寿命。