本发明提供一种共混聚酯树脂的制备方法及其在高透光聚酯薄膜中的应用，包括共混树脂母粒制备，共混聚酯树脂厚片的制备，高透光BOPET薄膜的制备。由纯PET、聚对苯二甲酸乙二醇‑1,4‑环己烷二甲醇酯（PCTG）、聚对苯二甲酸丁二酯（PBT）、N,N'‑乙撑双硬脂酰胺、碘化1,2‑二甲基吡啶鎓和聚酯蜡分散剂组成母粒Ⅰ，纯PET、PCTG、PBT和聚酯蜡分散剂组成母粒Ⅱ；母粒Ⅰ、Ⅱ熔融共混纯PET树脂得到共混聚酯树脂厚片，经双向拉伸工艺得到14~16微米厚的具有A/B/C三层结构的高透光聚酯薄膜。所制备的树脂透光率高、力学性能好，得到的聚酯薄膜具有高透光度和表面爽滑抗静电等优点。