本发明提供一种改性聚酯的制备方法及其在干膜抗蚀剂用聚酯薄膜中的应用，包括聚酯改性纳米二氧化硅的制备，聚酯预聚物的制备和改性PET树脂切片的制备。硅溶胶中和钛酸酯偶联剂ZJ‑38S反应得到的二氧化硅粉末与苯氧乙醇、端羟基超支化聚酯、对甲苯磺酸反应得到聚酯改性纳米二氧化硅；二丁基油酸酰胺、六甲基磷酰三胺、三羟甲基丙烷、乙二醇、异佛尔酮二异氰酸酯、丁酮肟、乙二醇单乙醚溶剂和催化剂辛酸锌反应得到聚酯预聚物；对苯二甲酸，乙二醇，聚酯改性纳米二氧化硅和聚酯预聚物经常规酯化脱水反应得到改性聚酯切片。本发明制备的改性树脂力学、光学性能，满足干膜抗蚀剂用聚酯薄膜应用要求。