本发明公开了一种中药低温间歇组合灭菌法：将中药药粉放入灭菌箱中加热，然后抽气；抽气完全后关闭抽气阀门和抽气泵，通入乙醇蒸汽至真空度为0.06Mpa为止，关闭通气阀以维持真空度，封闭灭菌3～12h；开启抽气阀门和抽气泵，并持续抽气；关闭抽气阀门和抽气泵，向灭菌箱中通入水蒸气至箱内相对湿度为90～100％，调节灭菌箱温度至37℃为止，静置4～24h；再次打开抽气泵，持续抽除水蒸气并关闭，随后将灭菌箱温度调节至60～80℃为止，干燥杀菌1～2h；灭菌结束，取出药粉。本发明的方法能够有效的缩短灭菌周期，提高灭菌效率，同时有效成分的流失较少。