本发明公开一种利用蓝圆鲹加工副产物酶解制备生物活性肽的方法，包括以下步骤：测定蓝圆鲹加工副产物中蛋白含量，并将蓝圆鲹加工副产物搅碎；按粗蛋白含量加入胰蛋白酶酶解；采用分子量为3000Da的超滤膜分离机对酶解液分离，得到超滤液；将超滤液进行干燥，即得。本发明还公开了上述制备的生物活性肽在抗氧化上和抑制ACE活性上的应用。本发明利用生物酶解技术制备得到的活性肽安全性高、无副作用，不仅实现了水产品加工下脚料的高值化利用，而且能够减少环境污染，产生很好的经济、生态和社会效益，且制备方法简单，易操作，成本低，便于工业化推广应用。