本实用新型公开了一种自动化食用菌固体接种系统，包括机架、基质输送装置、菌棒成型装置、打孔装置、菌种送料装置、包膜装置和菌棒堆垛装置；菌棒成型装置用于接收基质输送装置所输出的无菌基质；打孔装置设置在机架位于菌棒成型装置的对应位置上，打孔装置包括打孔管以及可驱动打孔管插入无菌基质内的驱动机构；菌种送料装置包括菌种分料机构、吹气机构以及输送管路，输送管路的两端分别连接吹气机构以及打孔管的上端，菌种分料机构内设置有菌块整形机构；输送管路通过分管与菌种分料机构的输出端连通；包膜装置设置在成型装置和菌棒堆垛装置之间。本接种系统实现流水线式自动化生产，减少人工投入以及减少污染源的带入。