本实用新型公开了一种菌棒无菌接种箱，包括箱体、操作台、送料通道、灭菌系统及气动打孔机构，所述箱体一侧的侧壁上设置有用于排出菌棒的排料通道；操作台设置在箱体内，所述操作台上具有用于定位菌棒的定位槽，所述定位槽与排料通道连通；送料通道穿设在箱体远离排料通道的一侧侧壁上，所述送料通道位于箱体内的一端连通操作台，所述送料通道的两端均设置有可开启的密封闸门；灭菌系统安装在送料通道上，用于对送料通道进行杀菌；气动打孔机构设置在箱体内壁上，且位于定位槽的顶部，用于对定位槽上的菌棒打孔。本无菌接种箱结构简单，能够实现无菌向箱体内输送待接种菌棒，避免外部微生物污染箱体内的菌棒。