本实用新型公开了一种菌棒气动打孔装置，包括箱体、操作台、排料装置和气动打孔机构，箱体具有一可开启的观察窗，箱体位于观察窗的一侧设置有操作孔，操作孔内套设有无菌手套，箱体一侧的侧壁上设置有排料通道；操作台设置在箱体内，操作台上具有用于定位菌棒的定位槽，定位槽与排料通道连通；排料装置设置在定位槽远离排料通道的一侧，气动打孔机构设置在箱体内壁上，且位于定位槽的顶部，用于对定位槽上的菌棒打孔。本在箱体内实现就无菌接种，降低了对接种环境的要求。利用定位槽来限位菌棒，提高菌棒打孔的准确率，同时也避免人工手持菌棒打孔的麻烦；利用排料装置将定位槽内接种好的菌棒推入排料通道内，提高菌棒转移效率和准确度。