本发明属于天然有机化学领域，涉及一种黑胡萝卜花青素的纯化方法，特别是涉及一种利用微波逆流萃取和膜分离技术纯化黑胡萝卜花青素的方法。国内提取黑胡萝卜素大多采用有机溶剂提取法，其存在提取率相对较低，且提取时间长等缺点，而采用微波逆流萃取，大孔树脂技术可以提高产品纯度，缩短了提取时间，可以得到25％以上纯度的黑胡萝卜花青素。大孔树脂再生方便迅速，适合大生产，且成本大大降低，水洗脱除去大部分杂质，容易操作；同时提高有效成分含量。