本发明属于天然有机化学领域，涉及来源于紫甘薯中花青素提取、分离方法。本方法是先将紫甘薯切块，然后利用溶剂乙酸乙酯进行提取，再用去离子水洗涤乙酸乙酯去除水溶性成分，浓缩乙酸乙酯溶液得到浸膏，浸膏再用甲醇溶解除杂后用模拟移动床色谱分离技术进行分离，得到花青素产品。本发明的优点是采用模拟移动床色谱分离技术进行紫甘薯花青素的分离，得到的紫甘薯花青素产品纯度高。本发明制备的紫甘薯花青素可广泛应用于保健食品和化妆品等领域。