本发明属于天然有机化学领域，涉及来源于蓝靛果中的花青素提取、分离方法。本方法先以茶多酚为抗氧化剂在碱性条件下进行提取，然后在酸性条件下利用絮凝剂进行除杂，再利用阳离子型交换树脂纯化提取液，得到高纯度的花青素产品。本发明的优点：1、本发明在碱性条件下利用水作为提取溶剂，与传统的利用乙醇提取相比，极大的降低了生产成本；2、提取过程中添加天然抗氧化剂，可以有效的降低花青素的损失；3、采用絮凝剂沉淀提取液中的杂质，有助于花青素产品纯度的提高；4、采用阳离子交换树脂纯化提取液，使花青素产品的纯度得到显著提高。本发明制备的花青素可广泛应用于保健食品和化妆品等领域。