本发明涉及一种水溶性发酵药物中微量黄曲霉毒素分析检测方法，其包括：（1）样品的水溶液，用二氯甲烷萃取，氮气吹干后再用30％甲醇水溶液（V/V）溶解获得供试品溶液；（2）采用超高效液相‑质谱联用法检测。本发明采用萃取方式解决了基质干扰目标峰测定及样品在仪器中残留引起仪器污染的问题；本发明黄曲霉毒素与样品在7min内实现全部有效分离，黄曲霉毒素在各自的线性范围内线性相关系数r均＞0.99，最低定量限为3ng/L，最低检测限为1ng/L，加标平均回收率均在80％～120％。本发明的检测方法具有快速、高效、灵敏度高、样品检测无基质干扰，耐用性好等特点，可适用于水溶性药物中黄曲霉毒素定量及定性检测。