一种红外焦平面探测器不稳定像元查找方法及系统，方法包括：在红外焦平面探测器全温度区间进行图像校正并进行国标盲元替换；确定红外焦平面探测器背景温度，在每个背景温度下，采集n次开机工作的红外焦平面探测器成像的原始图像数据，获得多组原始图像数据；以原始图像数据中的某帧图像的像素点I（i，j）为中心，选取其周围M个像素点；计算像素点I分别与其周围M个像素点中的每一个像素点的像素值差值，得到M个像素值差值,并判断像素值差值大于预设阈值AD_thd的个数N；若N大于则判定该像素点I为不稳定像元；通过滑窗方式遍历每组原始图像数据中每帧图像面阵的所有像素点，得到每组原始图像数据中的不稳定像元列表。