本实用新型涉及一种生物发酵空气除菌系统，包括：空压机（1）、第一除菌装置（2）、空气调节装置（3）与第二除菌装置（4）；所述空气调节装置（3）进气端的连接管道外表面设有蒸汽夹套（5），所述蒸汽夹套（5）外表面设有保温层（6），所述空气调节装置（3）内设有调节阀（7），连通空气旁路通道至所述空压机（1）进气口前端，且连接处设有单向止逆阀（10），所述第二除菌装置（4）两端分别设有除水过滤器。本实用新型所提供的生物发酵空气除菌系统尽可能地除去了管道中有可能生成的冷凝水，维持发酵系统中的空气无菌干燥，降低发酵过程染菌风险。