本实用新型公开了一种发酵菌种移菌装置，包括储菌罐，所述储菌罐顶端设置有进液口、底端设置有出液管，所述储菌罐内设置有能够沿自身轴线旋转的套管，所述套管内设置有与气源连通的导气管，所述导气管的外径和套管的内径相适配，且所述导气管和套管上均设置有通孔。本申请的移菌装置，结合了培养装置和移菌装置为一体，在移菌过程中不需要使用其他的装置或容器，减少污染。