本实用新型公开了一种微生物培养盒组，包括培养盒和盛装培养盒的筒状的外壳，所述外壳底端的内侧壁上沿周向均匀设置有三个以上定位孔，所述定位孔的底面通过沿径向的弹簧连接有定位块，所述定位块下表面沿远离弹簧的方向逐渐向上倾斜、上表面沿远离弹簧的方向逐渐向上倾斜或水平，所述培养盒放置在定位块上。本申请通过设计独特的培养盒和与之相适配的外壳，大大提高了对空间资源的利用率，降低微生物培养的成本；通过将盒体和盒盖的一体设计，防止培养盒的顺序被打乱，从而降低各培养盒发生混淆的概率，降低微生物培养失败的概率，从而降低对资源、人力和时间的浪费，降低成本。