本实用新型涉及花椒灭菌装置技术领域，公开了一种保鲜花椒的灭菌装置，包括杀菌平台，所述杀菌平台内部活动连接有主动辊和从动辊，所述杀菌平台中部设置有微波灭菌装置，所述微波灭菌装置顶部固定连接有排湿管，所述杀菌平台前后两侧内壁分别开设有连接槽，所述连接槽内部通过螺栓固定连接有液压杆，所述液压杆顶部固定连接有连接杆，所述连接杆顶部固定连接有支撑杆，所述支撑杆顶部设置有反向输送机构。本实用新型中，正向输送灭菌结束后，液压杆工作将反向输送机构顶起，使反向输送机构从提升槽内顶出，将正向输送带上表面的花椒放置盘顶起，进行二次灭菌操作，通过多次灭菌即提高了灭菌的效果，又降低了设备的资金投入。