本实用新型公开了一种用于氢燃料电池系统的气水分离装置，包括罐体和转轴，所述罐体底部安装有多个支撑柱，且多个支撑柱呈环形分布，多个所述支撑柱底部安装有同一底座，所述罐体顶部安装有储气罐，且储气罐顶部安装有出气管，所述出气管表面安装有第三阀门，所述转轴转动于罐体内部，且转轴顶部转动于储气罐内部，所述转轴底部设有搅拌液体的搅拌机构，所述罐体表面安装有蓄水罐，且罐体与蓄水罐接触面均开设有出水口，所述罐体内侧设有放水到蓄水罐的放水机构。本实用新型通过搅拌杆的设置，可使气水与液体混合更加充分，使气水里的水分更加容易溶于水中，避免气体中含有大量的水存在。