本发明提出了改善骨密度的钙、VD、蛋白肽组合物，将葛根、补骨脂、淫羊藿和女贞子经过沸水提取后，过滤，滤液干燥，得到中药水提取物，滤渣与骨胶原蛋白、碳源、氮源混合，制得中药‑蛋白肽培养基，接种活化的植物乳杆菌和唾液乳杆菌，发酵，产物经过磷酸化反应，然后加入钙离子溶液，制得磷酸化钙肽发酵复合物，与中药水提取物、维生素D1、维生素D3、双膦酸盐、降钙素、海参皂苷和人参皂苷Rg3混合均匀，制备成微胶囊，制得改善骨密度的钙、VD、蛋白肽组合物。本发明制得的组合物含有丰富的小分子物质，吸收率较高，具有改善肠道通透性，改善骨密度，促进成骨细胞增殖分化和肠壁细胞吸收钙能力，改善骨质疏松的效果，应用前景广阔。