本发明提供一种导航系统手势指令输入方法及装置，方法包括以下步骤：在九宫格手势指令模式下，感应用户的手势指令，接收并存储所述手势指令对应的触点轨迹序列；判断九宫格的触点状态未发生改变的时间，或，用户断绝与触摸屏之间接触的时间是否超过设定时间，如果是，则完成所述手势指令的输入，然后继续判断：所述手势指令对应的触点轨迹序列与预先存储的触点轨迹序列指令是否相符，如果是，则根据所述手势指令对应的触点轨迹序列执行相应的导航操作程序。本发明实施例提供的导航系统手势指令输入方法及装置，可以提高获取手势指令的准确性。