本发明公开了一种具有抗氧化功能的小麦低聚肽的制备方法及应用，涉及小麦加工技术领域，包括以下步骤：S1.将朊谷粉分散于水中，经微波处理后再超声处理，得朊谷粉料液；S2.在朊谷粉料液中加入第一复合酶进行酶解，而后离心分离，得第一上清液及残渣；S3.将残渣分散于水中，均质处理，再加入第二复合酶进行酶解，而后离心分离，得第二上清液；S4.合并第一上清液及第二上清液，经浓缩、干燥后，即得小麦低聚肽；其中，第一复合酶包括枯草芽孢杆菌蛋白酶、木瓜蛋白酶、风味蛋白酶，第二复合酶包括霉菌蛋白酶、胰蛋白酶、菠萝蛋白酶，得到的小麦低聚肽抗氧化性能好。