本发明公开了一种微囊化饲用酶制剂及其制备方法，该酶制剂以重量份数计，包括以下原料组分：饲用酶20～60份；惰性载体骨架10～40份；半胱胺酸1～10份；羟丙甲基纤维素1～5份；蔗糖脂肪酸酯5～30份；包膜材料15～70份。本发明采用半胱胺酸、羟丙甲基纤维素和蔗糖脂肪酸酯作为原料组分参与到微囊化饲用酶制剂的制粒和包膜工艺中，不仅能够提高产品在加工过程中的稳定性，还能够确保其在运输、储存和蒸汽调质制粒加工过程免受高湿、高热及强剪切力等环境的破坏，对提高产品在应用之前的酶活发挥着重要作用。