本发明公开了一种水稻小粒型不育系的育种方法及杂交水稻的轻简制种方法，所述水稻小粒型不育系的育种方法包括以下步骤：以C815S为母本，七桂B为父本进行杂交得到杂种F1，种植F1并与H155S为母本进行杂交，得到杂种F1′，种植F1′得到F2′世代，在F2′、F3′世代分离出株型理想、分蘖力强、植株较矮、粒型小的单株，再经2个世代以上的定向培育得到水稻小粒型不育系。上述不育系的育种方法培育的水稻小粒型不育系具有异交结实率高、发芽势和成苗率高、耐储存性强、黑粉病率低的优点。在此基础上，水稻小粒型不育系与大粒型恢复系制种，父本和母本同时混合收割，根据谷粒厚度的差异进行分选，从而实现杂交水稻轻简化制种。